Fu edificata nell'VIII secolo da Faroaldo II duca di Spoleto, nei luoghi dove si tramanda abbiano vissuto gli eremiti Lazzaro e Giovanni. Secondo una leggenda il duca di Spoleto vide in sogno lo stesso San Pietro che lo invitò ad edificare nel luogo dell'attuale abbazia un monastero benedettino. Pochi anni dopo il duca rinunciò al titolo e si fece monaco nell'abbazia. Da allora il cenobio fu strettamente legato alla città di Spoleto accogliendo le spoglie di molti dei duchi della città.

Sul finire del IX secolo il monastero subì, come accadde poco dopo a Farfa il saccheggio dei Saraceni e risorse solo nel 996 per volere di Ottone III. Nel 1234 Gregorio IX assegna l'abbazia ai Cistercensi in linea con quanto avviene del Lazio sotto Innocenzo III.

Nel 1484 papa Innocenzo VIII dona il feudo dell'abbazia ai Cybo. Dal 1917 il convento è passato in mani private e oggi, ristrutturato, è utilizzato come struttura alberghiera.

Il papa Innocenzo VIII (Giovan Battista Cybo - ossia Giobatta ricordato come il pontefice romano che iniziò la caccia spietata alle streghe), come detto, costituì per suo figlio Franceschetto Cybo un principato nominandolo, oltre a duca di Spoleto anche conte di Ferentillo e quindi governatore dell'abbazia. A Franceschetto, che sposò Maddalena de' Medici, successe il figlio Lorenzo Cybo, il quale sposò Ricciarda Malaspina marchesa di Massa e Carrara. Dal matrimonio nasce Alberico I Cybo, il quale, dopo la morte della madre Ricciarda, assunse anche (sempre per volere della madre) il cognome di Malaspina. Alberico I Cybo-Malaspina divenne così Marchese di Massa, Signore di Carrara, Conte di Ferentillo governatore di Monteleone di Spoleto e quindi signore anche della Abbazia di San Pietro in valle. Il feudo di dominio dei Cybo Malaspina durò fino al 1730 con Alderano Cybo. L'abbazia comunque ebbe sempre la commenda degli Ancaiani nobili spoletini fino alla sua vendita definitiva avvenuta nel 1907. L'edificio è un monumento nazionale visitato da molti turisti per le sue opere d'arte, come il ciclo degli affreschi di scuola romana (1150) antecedenti il Cavallini; gli affreschi nell'abside del maestro di Eggi del 1445^[3]. (Cit. Wikipedia)

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